Arrêt maladie et congé pathologique

Bonjour,
Je suis enceinte (dernier trimestre) et mon médecin traitant m'a mis en arrêt maladie jusqu'au 2/05. Mon congé pathologique est censé commencer le 29/04. Je le revois le 2/05 pour qu'il me prolongé mais cette fois-ci en congé pathologique à partir du 3/05. Est ce que mon congé pathologique sera comptabilisé à partir du 3/05 ou à partir du 29/04 même si à cette date là je serai en arrêt maladie?
Sinon j'ai rdv avec une Gynéco que je vois pour la 1ère fois le 29/04, est ce que ça poserait problème si elle me prescrit un congé patho même si elle ne me suit pas ? Est ce que ça sera pris en compte par la Sécu même si ça se chevauche avec l'arrêt maladie ?
Cordialement