Rupture conventionnelle pendant arrêt maladie et indemnités journalières

Bonjour,
Je suis en arrêt maladie depuis février. J'ai effectué une visite de préreprise à la médecine du travail qui m'a envoyée faire un bilan dans un centre de réadaptation. Mon généraliste a donc prolongé mon arrêt de travail pour que je puisse faire ce bilan et ces soins. Là semaine dernière, mon employeur m'a proposé une rupture conventionnelle. Un burn-out étant à l'origine de mon état de santé j'ai accepté.
Ma question est la suivante: mon contrat s'achève le 17/08 (si homologué par les services compétents) et mon arrêt le 31/08. Par conséquent, devrais-je retourner voir le médecin du travail ? Et que va t'il se passer pour moi pour la période du 18 au 31 août ? Je ne peux pas m'inscrire comme demandeur d'emploi, vais-je continuer à toucher des IJSS? Si oui, qui doit informer la CPAM de la fin du contrat? Moi ou mon employeur ? Y'a t'il des documents à fournir ?
Je suis perdue. Merci à vous pour votre aide!