Polyactifs en arrêt maladie

Bonjour
Je suis en arrêt maladie depuis plus de 6 mois et j envisage une reprise suite aux conseils de mon médecin , en temps partiel thérapeutique .
A côté de mon statut de salarié , qui m a amené à faire un burn out , j ai crée ma société et je commence une activité en septembre , en parallèle de mon temps partiel salarié .
Est ce que je peux travailler en auto entrepreneur et effectuer mon temps partiel en temps que salarié ? Mon médecin traitant est d accord car il s agit d une reconversion professionnelle .
Je ne veux pas être en irrégularité donc je voudrais savoir ce que j ai le droit de faire ?
Ou encore Poser des congés pour travailler sur mon activité auto entrepreneur ??
Merci à vous de l éclairer .