consolidation AT suite convocation medecin conseil , je passe en maladie comment va ce passer mon indemnisation?

bonjour j'ai eu un accident du travail en juin 2019 j'ai été convoquer par le médecin conseil qui a décider de consolider mon accident de travail pour le passer en maladie sachant que je me fait opérer de mon épaule dans les jour a venir suite a cette accident du travail mais pour le médecin conseil cela ne Vien pas de l'AT ... Mon contrat CDD c'est arrêter pendant mon AT et je souhaiterai savoir comment va se passer l'indemnisation de mon arrêt maladie ? Merci bonne journée