Retard arrêt maladie du à la crise sanitaire actuellz

Suite à la contraction du Covid 19 le 20 mars, j'ai été mis en arrêt de travail par mon médecin. Ayant envoyé les parties de l'arrêt à la CPAM et à mon employeur dans les délais de 48h. Mon employeur me dis ne pas avoir reçu celui ci et me met en arrêt injustifié sur ma fiche de paye, cependant la CPAM a bien reçu les parties 1 et 2..! Je lui ai donc envoyé en dématérialisé ce jour, mais que faire, est -ce déjà trop tard ? Aurais-je tout de même des indemnités maladie?
Merci de vos réponses