Fonctionnaire reconnu par CPAM mais pas par l'administration

Bonjour,
Je suis en rechute d'accident de travail reconnu par la CPAM et j'ai été en arrêt de travail pendant 9 mois. Comme l'accident de travail initial est antérieur à ma titularisation de fonctionnaire, mon service des ressources humaines me place en congé maladie ordinaire pendant ces 9 mois. Ce qui implique que pendant les 3 premiers mois je touche mon salaire à plein traitement puis à demi-traitement les six mois suivants. Mon employeur a demandé la subrogation pour le paiement des indemnités journalières d'accident de travail pour les 9 mois.
Donc pendant les 3 premiers mois il est normal que mon employeur touche à ma place les indemnités journalières mais pour les 6 mois suivants mon demi-traitement pour arrêt maladie ordinaire ne doit-il pas se cumuler avec les indemnités journalières d'accident de travail puisque mon employeur me considère en maladie ordinaire?
Mon employeur considère que les ij d'accident de travail doivent compenser le versement mon demi-traitement et ne veut pas me verser les ij d'accident de travail en plus de mon demi-traitement pour les 6 mois suivants.
Vous remerciant par avance pour vos réponses et vos éclaircissements.