Arrêt maladie justifée avec reprise à l’issue mais à nouveau prolongé

Bonjour,
Ma question est très urgente.
En arrêt depuis 3 mois, j’ai été reçu par le médecin contrôle qui m’a justifié mon arrêt maladie avec une reprise à l’issue soit deux semaine plus tard. Cependant, mon état ne s’ameriolant pas j’ai été prolongé par mon médecin traitant.
Mon employeur refuse de prendre ma prolongation en compte et considère que je suis en absence injustifié. Que faire ? Est-ce légal ?