Médecin conseil s'est trompé de n° dossier et a consolidé une partie pas encore opérée: comment contester délai dépassé?

Je suis en maladie professionnelle depuis octobre 2016 avec 4 dossiers pour carpien gauche, carpien droit, coiffe rotateurs épaule gauche et coiffe rotateurs épaule droite. Chaque dossier est nommé par un numéro à 9 chiffres.
En décembre 2016 j'ai été opérée du carpien gauche avec un arrêt maladie d'un mois. Quelques jours avant la fin de l'arrêt et du rendez-vous avec le chirurgien j'ai eu une convocation pour voir le médecin conseil qui, pas très loquace, a décidé que mon poignet était guéri. Lorsque j'ai vu le chirurgien celui-ci m'a fait un certificat médical de prolongation (puisque encore 3 parties à opérer) avec reprise de travail et soins jusqu'en mars. Côté sécurité sociale pas de problème pour les indemnités journalières.
Fin février, opération coiffe des rotateurs épaule droite avec certificat médical prolongation MP et arrêt de travail jusqu'à fin mai qui a été prolongé jusqu'à début septembre et de nouveau prolongé jusqu’au 3 décembre.
Fin juin, nouvelle convocation chez le médecin conseil toujours très peu loquace et qui expédie la consultation en 4ème vitesse puisque de toutes manières mon épaule est toujours bien bloquée et la récupération de la mobilité relativement faible.
21 novembre, convocation du médecin conseil. De moins en moins loquace il me dit: «levez les bras devant vous et au-dessus de la tête". Il pousse très fort sur mon bras droit à me faire crier de douleur et provoquer une belle contraction. Puis il me fait lever les bras par les côtés et mettre les mains derrière la tête. Il pousse de nouveau très fort sur mon coude droit pour forcer l'ouverture et me fait de nouveau très mal, contractant un peu plus l'épaule qui mettra deux jours à se détendre malgré la séance chez le kiné le lendemain. Alors qu'il retourne en silence à son ordinateur je lui dis que sur conseil du kiné et du chirurgien je vais à la piscine pour essayer de retrouver de la force et de l'endurance et que si j'ai récupéré une certaine mobilité je suis encore loin de 100%... Je sens bien que ce que je dis ou ressens ne l'intéresse pas car il pianote en silence sur son ordinateur. Sans même lever le nez de celui-ci il finit par dire: "Vous n'aviez pas de travail avant l'opération il est donc inutile de prolonger l'arrêt, je fais un courrier à votre médecin." Je n'ai même pas le temps de lui dire que si je n'avais pas de travail c'est parce que je n'étais pas en état car il se lève et me raccompagne à la sortie. L'entretien n'a pas duré 10 minutes, dont une grande partie de ce temps à attendre que l'ordinateur soit opérationnel... Ceci est considéré comme "un examen clinique détaillé pour évaluer les séquelles" dixit la réponse de la direction à mon courrier de mécontentement.
Mercredi 29 novembre: visite chez le chirurgien qui a reçu le courrier du médecin conseil sur lequel n'apparaît ni le numéro de dossier, ni la pathologie qu'il estime consolidée au 3 décembre, juste la date de la maladie professionnelle (qui je vous le rappelle comporte 4 dossiers). De plus il a adressé une copie de ce courrier à un médecin qui n'est pas mon médecin traitant...
L'épaule gauche s'étant détériorée un peu plus du fait de l'immobilisation de la droite nous convenons avec le chirurgien de prendre un peu de temps pour que celle-ci reprenne un peu plus de force avant d'opérer la gauche et il me fait donc une prolongation avec arrêt jusqu'au 21 janvier 2018 en précisant "suite coiffe des rotateurs épaule droite et gauche" que je transmets à la sécurité sociale.
Jeudi 30 novembre je reçois un courrier en recommandé avec accusé de réception concernant la maladie professionnelle d'octobre 2016 avec un numéro de dossier auquel j'avoue ne pas porter grande attention puisque le médecin conseil a "ausculté" l'épaule droite et que c'est celle-ci qui est en cours de consolidation. Ce courrier me dit que je suis considérée consolidée au 3 décembre, que j'ai 10 jours pour fournir un certificat médical final indiquant les conséquences définitives et que même si j'ai un arrêt de travail en cours les indemnités cesseront d'être versées à la date de consolidation. Il faut que je rende la feuille de soins et si je veux contester j'ai 1 mois pour le faire en adressant un courrier recommandé. Il y a aussi une demande de renseignements complémentaires nécessaires à l'évaluation du taux d'incapacité permanente en vue de l'attribution éventuelle d'une rente.
Vendredi 1er décembre je fais les 50 km de route qui me séparent de Gap pour aller voir le chirurgien afin d'avoir le certificat demandé mais il est exceptionnellement absent. J'en profite quand même pour déposer à la sécu les renseignements complémentaires pour rente et prendre un rendez-vous.
Lundi 4 décembre: de nouveau 100 km (aller-retour) pour voir chirurgien qui me refait donc 2 certificats médicaux:

• un final qui précise suite coiffe épaule droite et consolidation avec séquelles accompagné d'un protocole pour soins après consolidation.
• un prolongation suite coiffe rotateurs épaule gauche avec arrêt de travail jusqu'au 21 janvier 2018
Jeudi 7 décembre: re 100 km pour rendez-vous sécu. Je me renseigne pour savoir comment ça se passe si je conteste la décision de consolidation et j’apprends que cela prend 2 à 3 mois (sans versement d’indemnités ni possibilité réinscription pôle emploi) pour avoir une expertise… Et dans deux ou trois mois j’espère bien que j’aurai retrouvé de la force et qu’il sera conclu que le médecin traitant avait raison de consolider… Avec la personne qui me reçoit nous pensons qu’il vaut donc mieux ne pas contester et transmettre les documents suscités plus tous ceux qui avaient étés nécessaires pour le calcul des indemnités journalières puisque l'arrêt épaule droite se termine et que commence l'arrêt de l'épaule gauche.
Samedi 30 décembre : réception en courrier normal daté au 26 décembre demandant les mêmes documents rendus il y a un mois.
Un peu agacée que l'on me demande des papiers déjà transmis je surligne et réponds directement sur les papiers reçus et lorsque je remplis la feuille de renseignements en m'aidant de la photocopie de celle transmise le 1er décembre je me rends compte que les numéros de dossiers sont différents et je réalise que les papiers déposés début décembre concernent l'épaule gauche qui n'a pas encore été opérée...

La personne qui m'a reçue en rendez-vous le 5 janvier me dit que mes indemnités de paiements sont suspendues et qu'il va falloir que je rembourse celles versées du 4 au 26 décembre (mais pour ça j'attends le courrier qui m'en informera) et qu'il est impossible de revenir en arrière pour ré ouvrir le dossier de l'épaule gauche même que ce soit par la faute du médecin conseil qui s'est trompé.
Quelqu'un a-t-il un truc pour pouvoir contester malgré le délai dépassé?
Merci