Comment se passe le maintien de salaire si l'arrêt maladie est coupé par des congés payés dans les 90 premiers jours?

Bonjour, le maintien de salaire par l'employeur est obligatoire pendant les 90 premiers jours d’absences, dans le cas d'un arrêt maladie.
Que se passe-t-il si l'arrêt maladie est suspendu par les congés payés (une employée est en arrêt maladie avant et après, mais pas d'arrêt maladie pendant les vacances scolaires pour une salariée en CDI dans une association en charge de la garderie à l'école) ? Le délai de 90 jours repart à 0 après les vacances scolaires ou bien est continué par rapport à la date initiale avant vacances scolaires? merci