Invalidité demandée par MC en cours de traitement et prolongation arrêt

Bonjour,
Suite à un rdv, le médecin conseil a décidé de me passer en invalidité 2 à partir du 1/7/24. J'ai reçu un courrier qui indique que mes IJ cesseront le 30/06/24 ainsi que des documents à fournir. Pour l'instant je suis encore dans l'attente de la notification d'invalidité, mon dossier est encore en cours de traitement.
Étant encore salariée, mon médecin a prolongé mon arrêt jusqu'en septembre. Il la fait via Ameli, la Cpam m'a envoyé une notification de prise en compte de ma prolongation.
Étant donné que l'on ne peut pas toucher l'invalidité si on a des IJ, j'ai peur que cette prolongation pose problème dans l'instruction de mon dossier invalidité. Pourtant j'ai bien reçu le courrier m'indiquant que je ne toucherai plus d IJ au 30/06/24. Comment va être traité ma prolongation au niveau administratif ? Cela peut il me porter préjudice ou il ne va simplement pas générer d IJ ?
Merci pour vos éclaircissements.