Que dois-je faire dans le cas d'une fin de contrat en alternance avec un arrêt de travail prolongé ?

Bonjour, j'étais en contrat d'alternance mais celui ci s'est fini le 30 septembre. J'étais vers la fin de celui -ci en arrêt de travail avec accident du travail depuis le 30 août jusqu'au 9 octobre. La fin de mon contrat ayant pris fin, je me pose des questions sur les démarches à suivre désormais. En effet, mon arrêt de travail va être prolongé probablement pour 1 ou 2 mois encore du fait d'une blessure et je me retrouve donc sans emploi. Dois-je m'inscrire à Pôle emploi pour leur transmettre mon arrêt maladie ou dois-je uniquement transmettre mon arrêt à Ameli ? Vais-je recevoir des indemnités journalières ?

Je vous remercie pour vos réponses à venir.

Cordialement.