IJSS absentes du bulletin de salaire - Absence AT comptabilisée comme travaillée

Bonjour, en arrêt pour AT depuis 6 mois, j'ai eu la "surprise" de voir mon dernier "salaire" calculé comme travaillé. En effet les IJSS ne parraissent pas et mon salaire a été calculé sur le maintient à 90 %, ce qui me donne un salaire de 1391€ au lieu des 2000 de IJ, avec du coup un net imposable de 1600. Quand j'ai signalé le problème à mon employeur, il m'a répondu :"le traitement des IJ en paye est neutre pour vous du fait de la subrogation. Elles seront passées le mois prochain pour calcul des charges." Ce raisonnement est il correcte ?
Je précise que les IJ concernées sont celles de juillet pour le salaire d'aout versé en septembre et que donc ce passage pour calcule des charges sera pour les ij d'aout.
De plus depuis le départ j'ai une différence de 300 € minimum chaque mois (retenue mutuelle et garantie du net incluse) entre mon net et les ij , là aussi je ne comprend pas.
Merci de m'éclairer
Bonne journée à tous