Comment dois je faire quand c'est mon médecin qui m'a arrêté pour covid et que ça n'a pas été déclaré à ameli ?

Bonjour
J'ai été testé positif au covid le 31/01 suite à un test antigenique, j'ai vu mon médecin traitant avant de faire le test car j'étais vraiment très malade, comme j'avais fais un autotest qui étais positif avant son arrivé il m'a donc prescrit un arrêt tout d'abord de 7 jours. (qui a été prolongé 3 jours) Sauf qu'il ne m'a pas prévenu qu'il aurait fallu que je passe par ameli pour l'arrêt. Ça n'a donc pas été déclaré à ameli et je n'ai donc pas eu d'attestation d'isolement pour mon employeur qui a juste eu l'arrêt de travail de mon médecin.
Comme je n'ai pas cette attestations d'ameli mon employeur refuse de le faire passer en cas covid, j'ai pourtant mon papier de test positif et l'arrêt fait par mon médecin envoyé à la Cpam avec déclaration de covid.
Alors est ce que c'est trop tard pour faire quelques choses et que ça soit pris en compte ? Ou est ce que la Cpam peut intervenir auprès de mon de employeur pour attester que c'était bien un arrêt du au covid. J'ai mon test pour preuve. Je suis vraiment perdu n'ayant pas l'habitude de toutes ces démarches et mon médecin ne l'ayant rien dit.
Meexi pour votre réponse. Bonne journée