Arrêt de travail alors qu'on a travaillé

Bonjour
Ma fille a eu le covid un samedi et fait un pcr le jour même. Ma compagne s'est mise en télétravail le lundi et mardi ,son employeur la harcelait pour avoir le résultat du test qui tardait, et elle ne savait donc pas comment gérer la petite malade et son travail. Le résultat pcr est arrivé le mardi et son employeur lui a laissé le choix entre rester en télétravail ou se mettre en arrêt. Elle a donc demandé un arrêt pour cas contact sur le site ameli où on lui a dit que son dossier allait être étudié.
Le jeudi à 5h du matin n'ayant toujours aucune nouvelle de la CPAM elle prévient son employeur qu'elle télétravaillerait. Cependant 15 jours après la demande elle a reçu un mail l'invitant à contrôler son compte ameli et là surprise, l'arrêt a été accepté.
Qu'en est-il des conséquences sachant que l'employeur a perçu les prestations et qu'elle a travaillé.
Merci de nous éclairer car là on ne sait pas quoi faire.