Mi temps therapeutique et congés payes ?

Bonjour
Mon arrêt de travail se termine le 15 septembre 2020 et j'ai une visite de reprise à la médecine du travail le 16 septembre 2020 pour reprendre à mi temps therapeutique.
Ce meme 16 septembre 2020 je verrai mon médecin traitant pour la prescription de mon mi temps therapeutique qui sera daté donc du 16 septembre 2020
Mon employeur souhaite que je prenne des congés payés avant ma reprise à mi temps therapeutique donc dès le 16 septembre 2020
Aussi la question que je me pose est la suivante : mon Medecin me prescrit le mi temps therapeutique à compter du 12 octobre 2020 date de ma reprise effective ou doit il me prescrire mon mi temps therapeutique des le 16 septembre 2020 date du début de mes congés payés ( congés payés du 16/9/2020 au 11/10/2020) ?
Si le mi temps therapeutique est prescrit sur ma période de congés cela va réduire la durée du mi temps therapeutique non ? J'ignore de combien de mois j'ai le droit de travailler à mi temps therapeutique sachant que je ne suis pas en ALD
Dans un cas comme dans l'autre vais je quand même percevoir des indemnités journalières SS ?
Je vous remercie infiniment de vos reponse car c'est assez compliqué pour mois d'y voir clair