Arrêt de travail (maladie professionnelle) non communiqué à mon employeur, que faire ?

Bonjour,
Situation un peu délicate.
Suite à des problèmes liés au travail, mon médecin a décider de m’arrêter pour 10 jours dans un premier temps, en déclarant une maladie professionnelle, avec un rdv de contrôle pour déclarer mon aptitude à reprendre le travail suite à cet arrêt.
Lors de mon rendez vous, il m’a indiqué que je n’avais plus rien à faire et que tout serait automatiquement teletransmis.
Première fois que je suis mis en arrêt, je ne savais pas qu’il fallait que je transmette une copie de l’arrêt de travail à mon employeur sous 48h.
J’ai notifié par message mes responsables dès le moment ou je suis sorti de chez le médecin de mon arrêt ainsi que de ma reprise. Ils étaient donc au courant.
Hier j’ai reçu un courrier recommandé pour absence injustifiée avec un avertissement. La secrétaire me dit que comme je n’ai pas fait la démarche ils se couvrent en me mettant en absence injustifiée et que je ne serai pas payé pour mon arrêt de travail.
Je lui ai envoyé les documents dès que j’ai appris mon erreur soit 15 jours après le début de l’arrêt.

Que va t’il donc se passer pour mon indemnisation ? Sachant que le médecin a teletransmis à la CPAM mon arrêt dès le premier jour, mais que mon employeur a eu l’arrêt 15 jours après ?

Je vous remercie d’avance pour vos réponses.

Cordialement